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Quando estou mal disposta
(e estou-o muitas vezes...)
mudo o sentido às frases,
complico tudo...
Alexandre O'Neill, Poesias Completas 1951/1986

Embora haja uma certa liberdade no emprego da vírgula, é essencial respeitar determinadas recomendações para garantir a correção da linguagem escrita.

1. O sujeito nunca deve ser separado do predicado por uma vírgula:

«Eu amo a charneca.» (Almeida Garrett, As Viagens na Minha Terra)

 2. O verbo e os seus complementos nunca devem ser separados por vírgulas:

«O meu Príncipe era então uma alma que se simplificava — e qualquer pequenino gozo lhe bastava, desde que nele entrasse paz ou doçura.» (Eça de Queirós, A Cidade e As Serras)

3. O gerúndio e o particípio passado independentes, isto é, quando equivalem a orações separam-se da oração seguinte por vírgula:

«Clara, sentindo-se pouco à vontade para responder ao galanteio […]» (Júlio Dinis, As Pupilas do Senhor Reitor)
«Dada a hora, achou-se reunida uma sociedade seleta […]» (Machado de Assis, Brás Cubas)
«Ludovina recuou três passos, tolhida de medo» (Camilo Castelo Branco, O Que Fazem as Mulheres)

4. O gerúndio dependente nunca é precedido de vírgula:

«[…] o doente parecia estar melhorando […]» (Machado de Assis, Quincas Borba)

 5. O vocativo (termo com que chama o interlocutor e que marca a função apelativa da linguagem) é sempre seguido de vírgula:

«– E diga-me, Carlinhos, já vai adiantado nos seus estudos?» (Eça de Queirós, Os Maias)

Nota: Sempre que estamos diante de um vocativo, há vírgula, mesmo que não esteja no início da frase:
«– Falhámos a vida, menino!» (Eça de Queirós, Os Maias)

6. O aposto ou modificador do nome apositivo (termo da oração que serve para explicar um termo anterior, esclarecendo ou qualificando) vai sempre entre vírgulas:
«Sebastião Freitas, o vereador dissidente, tinha o dom da palavra […]» (Machado de Assis, O Alienista)

7. Os elementos de natureza semelhante ou que desempenham a mesma função sintática, quando não estão ligados por conjunções («e, nem, ou»), são separados por vírgulas:
«A beleza, o espírito, a graça, os dotes de alma e do corpo geram a admiração.» (Almeida Garrett, As Viagens na Minha Terra)

8. Não se emprega vírgula antes das conjunções «e, nem, ou» quando não aparecem repetidas:

«São os nossos amigos e parentes que vêm esperar-nos.» (Camilo Castelo Branco, Amor de Perdição)

«Não há limões nem açúcar.» (Almeida Garrett, As Viagens na Minha Terra)

«Servo ou homem livre, liberto ou patrono, para ele todos eram filhos.» (Alexandre Herculano, Eurico, o Presbítero)

Nota¹: A vírgula pode ser usada, caso se pretenda dar ênfase a uma frase:

«Vacilou um segundo, e caiu desamparado aos pés de Teresa.» (Camilo Castelo Branco, Amor de Perdição)

Nota²: O uso é recomendado quando as orações coordenadas apresentam sujeitos diferentes:

«A mulher morreu, e cada um dos filhos procurou o seu destino.» (Fernando Namora, O Trigo e o Joio)

9. Em frases iniciadas por «mas», nunca se usa vírgula:

«Não o supunha assim madrugador. Mas onde estava tão escondido?» (Júlio Dinis, A Morgadinha dos Canaviais)

10.  Não se emprega vírgula antes de «que», quando introduz uma oração restritiva:
«Há infortúnios e misérias que causam o tormento dos grandes e poderosos e que os pobres e humildes nem experimentam, nem imaginam sequer.» (Júlio Dinis, As Pupilas do Senhor Reitor)

11. Emprega-se vírgula antes de «que», quando introduz uma oração relativa com valor explicativo:
«Ega, que tinha pressa, como sempre, enrolou o manuscrito […]» (Eça de Queirós, Os Maias)
«A sociedade é materialista; e a literatura, que é a expressão da sociedade, é toda excessivamente e absurdamente e despropositadamente espiritualista!» (Almeida Garrett, Viagens na Minha Terra)

12. A partícula «quem», acompanhada de preposição, é precedida de vírgula:

«[…] o grande João da Ega, a quem Afonso da Maia se afeiçoara muito […]» (Eça de Queirós, Os Maias)

Nota: O mesmo acontece, em circunstâncias idênticas, quando temos «a que» ou «em que»:
«E o que houve foi um silêncio lento, em que os olhos de ambos se encontraram.» (Eça de Queirós, Os Maias)
«Essa minha irmã, a que foi levada em pequena, não morreu?…» (Eça de Queirós, Os Maias)

13. As orações com sujeitos diferentes, mesmo quando ligadas por «e», são separadas por vírgulas:

«Era-lhe familiar o canto matinal do galo, e o amanhecer encontrava-o sempre de pé, e em pé o deixava ao esconder-se.» (Júlio Dinis, As Pupilas do Senhor Reitor)

OUTRAS INDICAÇÕES ÚTEIS:

Regra geral, separam-se por vírgulas: «aliás», «contudo», «enfim», «isto é», «pois», «por exemplo», «por favor», «porém», «talvez», «todavia».