A grafia recomendada é eonotema [de éon- (tempo) + -o- + -tema (pospositivo depreendido do lat. thema, átis acp. 'depósito')]. Galopim de Carvalho (2011) registava “eontema”, sem a vogal de ligação, -o-, mas tal grafia não vingou.

Na dicionarística portuguesa, apenas o HOUAISS-CL regista o vocábulo com acentuação esdrúxula, “eonótema”.